Choć Fundacja Czysta Rzeka działa od lutego 2024 roku, to jej historia jest o wiele dłuższa. Dlaczego? Ponieważ wywodzi się od Operacji Czysta Rzeka - ogólnopolskiej akcji społecznej sprzątania rzek i terenów zielonych. Początki Operacji sięgają 2018 roku, kiedy w redakcji magazynu “Kraina Bugu” narodził się pomysł sprzątania rzeki Bug oraz jej dopływów. Dzięki zaufaniu i wsparciu pierwszych partnerów udało się rozpocząć pierwszą edycję porządków. W ciągu kilku dni okazało się, że potrzeba oddolnych działań na rzecz środowiska naturalnego występuje również w wielu innych miejscach. Jednodniowa inicjatywa nad Bugiem błyskawicznie rozwinęła się do kilkutygodniowej akcji ogólnopolskiej, w którą zaangażowały się osoby publiczne oraz lokalni liderzy.

Do tej pory odbyło się pięć edycji Akcji Operacja Czysta Rzeka. W dotychczasowych pięciu edycjach udział wzięło ponad 36,7 tys. osób, które zebrały ponad 875 ton śmieci.

Fundatorem Fundacji Czysta Rzeka jest 5 Strona Sp. z.o.o – wydawca czasopisma Kraina Bugu.